Com tudo isso acontecendo o final da guerra estava próximo e a vitória seria certamente do exército. Canudos foi cercada, bombardeada, massacrada e depois incendiada. Muitos dos conselheristas, seguidores de Antônio Conselheiro, foram degolados ou como era chamada essa pratica, sofreram das "gravatas vermelhas". Não houve contagem dos mortos durante as quatro batalhas que ocorreram, mas se estipula mais de 15000 mortos.
Em seu livro, Os Sertões, Euclides da Cunha descreve esse momento final da seguinte forma:
"Canudos não se rendeu. Exemplo único em toda a História, resistiu até o esgotamento completo. Expugnando palmo a palmo, na precisão integral do termo, caiu no dia 5, ao entardecer, quando caíram seus últimos defensores, que todos morreram. Eram quatro apenas: um velho, dois homens feitos e uma criança, na frente dos quais rugiam, raivosamente, cindo mil soldados.
Caiu o arraial a 5.No dia 6, acabaram de o destruir desmanchando-lhe as casas, 5 200, cuidadosamente contadas."
Para a quarta expedição foram chamados inicialmente 5000 homens vindos desde o Rio Grande do Sul até o Amazonas. A tropa foi dividida em 2 frentes, a primeira iria para Monte Santo como as anteriores e a segunda para Aracaju, essa comandada por Cláudio Savaget, buscava o elemento surpresa. Até o marechal Carlos Machado Bittencourt, ministro da guerra foi para dar apoio moral para a tropa.
A primeira frente foi surpreendida em Morro da Favela e só se salvou pois conseguiu se juntar com a segunda frente. Dos 5000 soldados, 900 já estavam fora de combate, mortos ou feridos. Euclides da Cunha falou nesse momento que o exército parecia mais "uma aglomeração de fugitivos". Com a fome assombrando os soldados eles foram obrigados a fazerem grupos de caça que se arriscavam a sair de seus abrigos e serem pegos pelos sertanejos que defendiam Canudos.
As estratégias do marechal Bittencourt não eram grandes manobras de guerra ou um aumento brusco da tropa, mas sim uma reposição de soldados perdidos que iam cansando os sertanejos e assim a vitória começava a passar para o lado do exército.
